1、归档的方法不一样。纸质档案的收集是需借助文书处理部门的力量，在整理文件材料的途中将有利用价值的文件收集起来，根据文件当中的来源、内容、时间、形式等方面进行分类，在转交给档案部门。而电子档案则不用这一步骤是采取向档案部门移交硬盘或者进入档案部门制定的官方网站中，从互联网中移交、归档。
2、鉴别方式不一样。
纸质档案的价值鉴定时常需经过多个步骤才可以完成，这当中最为主要是要经过三个程序，分别是资格审核查验、确定生存期和价值复核审查，这一鉴别方式最为显著的特点就是在档案形成后进场鉴定工作。因为电子文件信息内容不稳定，因而电子档案的鉴定需要在文件形成之初就启动，而且，不只是对其文件内容进行鉴定，同时也涵盖文件所使用的技术。
3、保管方式不一样。
档案的保管大多数情况下是将档案放在存储室，分门别类的安置在有序号的柜架中，因为这个原因纸质档案的管理就是以这样的形式进行管理。而电子档案与纸质档案在材料运用方面带来一定不一样，它所使用的`大多数情况下都是磁性材料，也就说在电子档案的管理方面不要求保存场地面积有多大，而是对保存环境有相对来说比较高的要求，除了要保证温度和湿度在一定的范围值内，而且，还需要装置除尘、防紫外线等设施
管理方法的区别
1、归档
把办理好的文件整理立卷，定期交到档案部门就为纸质档案的归档。电子档案的归档比纸质档案要复杂，归档方法包括物理归档和条理性的归档。条理性的归档方式，是通过信息设备把电子档案中的'地址存储在网络设备中的相关存储设备当中，档案部门记录的是归档的电详细来源，由信息设备直接查阅该电子档案。条理性的归档方式对信息设备的要求非常之高，需要高超的技能、相关业务及信息设备的具体条件，要具备十分严谨的管理方式及稳定的网络系统环境。而物理归档就是将电子档案采取脱机备份，移交到档案部门，实行脱机保存。
2、整理
把需要加以整合的档案整理到位就为档案的整理，加以组合、排序、区分、编目，形成一个完整的系统。根据档案中的整体内容、地址来源、组成方式和时间等历史信息进行组合、区分、编目和排序。纸质档案的整理比较复杂化，基本是手工进行操作，效率低且劳动强度大。而电子档案的整理涵盖两个方面：排序和分类，建立数据库。由于电子档案能通过计算机系统进行有效、迅速且全方位的整序，可以按照不同的需求，利用自动化的系统对电子档案加以自由的组合分类。
3、编目与审核
编目纸质档案的方式有以下几个方面：记录卷内文档的有关目录信息、将备考表编制完整、封面的整体编目以及编号等，最后形成完整的目录。通过实际操作将这些目录进行审核。电子档案的编目方法和纸质的档案不一样，因电子档案在计算机的系统上运作，而计算机系统具备极强的推理功能和逻辑性，可以自行完成对提要、全文及文件名的处理，选取关键词转换成规范的分类号和主题词，进而实现自动标引，所有，等于在归档时，就可以自动化实现“编目”。而电子档案检索是根据电子档案的检索系统，直接浏览、输出、检索查询文件信息，其优势是交互性强，响应的时间较短，且可提供出多种检索的途径，更能满足用户不同的检索需求。
保护中的差异
1、载体寿命的差异
纤维素的好坏会对纸张的质量产生决定性的'因素，在对档案加以保护的过程当中，一定要把化学反应的所需条件解决，才能使纸质档案的整体质量更高。电子档案所用的设备是光碟和具备磁性的载体。光碟是通过激光来获取并存储信息，目前，光碟利用的记录载体包含了，碲合金、碳铝中的化合物、硒及部分在激光作用下产生变化的相关材料。而磁粉当中残留下的的磁性化合物，是将信息记录好的决定性因素，其会因外磁场的破坏而消磁或退磁。
2、两者面对环境条件影响的区别
粉尘影响的区别
粉尘对纸张有所影响，重点是机器会带来一些霉菌物质、纸张一旦发生破损其粘结起来便会变成一些较硬的颗粒物。而粉尘给电子档案带来的损害是由化学物质的反应、生物以及物理的伤害。粉尘中的化学因子会引起磁带、光碟、发生分解或者侵蚀等，因化学反应而导致的质量问题指的是化学损坏，导致记录信息不足或者丢失；霉菌的传播者是空气和生活中的粉尘，也是霉菌开始来源，霉菌会分泌出有机酸和酶性物质，这些物质会使光盘和相关载体受到损坏，从而丢失相关的数据，而是生物上带来的损坏；而物理反应的损坏指的是磁盘受损、光碟被污染，以至于信息被丢失。
温湿度影响的整体区别
温湿度的高低也会对光碟、纸张及其他的载体带来不利的影响。对普通的纸张而言，过高的温湿度会使纸张内部的化学因子加速反应，从而加快纸张与水发生溶解，导致材料字不清晰。而电子档案受不同温湿度的影响反应是：在不确定温度高低的条件下，聚酯底基分子容易发生膨胀或者紧缩，进而对数据的读写和定位带来不利的影响。
3、信息保护技术的差异
如何使档案的载体——纸张的质量更高是纸质档案的核心工作之一，因为存储的信息和相应载体是密切相关的，保障纸质文件，且通过纸张实际的记录内容就能够储存。以电子档案来分析，载体与信息是不总是相结合在一起的，电子档案与载体的分离性会使档案内的内容被窃取或变更。
4、技术寿命的差异
电子档案是由信息设备将信息与载体相结合起来组成的，要通过信息设备才能进行利用。如果技术跟不上，就不能读出相应的信息。但纸质的档案，其纸张、字迹和字迹的相关材料三者始终是紧密相连的，它的内部因素、质量好坏与环境的保护息息有关的。由于电子档案是由信息设备将其载体与信息相组合而成的，要通过软件设备才可查阅。所以，对于电子档案中数字化信息的质量好坏而言，技术的更新是比损坏载体更加严重的损害。
