物理方法和化学方法。
物理方法中主要是温度控制、湿度控制。微生物生长繁殖必须具备一定的温度和湿度。一般说，低温、干燥不利于微生物生长，甚至能够杀灭微生物。所以可以用低温和干燥控制微生物生长繁殖。酸度过高或过低、渗透压过高或过低也能控制微生物生长繁殖。化学方法中主要有营养物质控制和化学物质抑制两种。微生物没有必须的营养物质就无法生长繁殖。如控制碳源、氮源、微量元素或必须的维生素等，都可以抑制或控制微生物的生长繁殖。
某些化学物质能够抑制微生物生长甚至杀灭微生物。如砷、铅等有毒元素，氰化钾、氰化钠等有毒化合物，杀菌药物等。其原理是破坏微生物中大分子物质的结构，使这些物质失去活性或正常的生理功能，抑制微生物生长或致微生物死亡。此外，高能辐射（如紫外线、高能电子束、高能中子束、X－射线、伽玛射线等）也能致微生物死亡。其原理是破坏微生物遗传物质DNA和RNA，使微生物无法正常生长。其实，微生物生长繁殖与大型生物是一样的，能让大型生物（比如人类）活不了的东西，微生物也活不了
