长子：姓名不详，1903年夭折，不满周岁。
次子：马本寅（1925年生），马寅初次小的孩子。
三子：马本初（1926-），马寅初最小的孩子。1945年，不到19岁的马本初自重庆大学机械系应召入伍，为驻前沿部队的美军陆空联络小组担任翻译。抗战胜利后，马本初返校学习，1948年毕业后获得两所美国大学的录取通知书，但他遵从父命留在杭州。文革中，因曾加入国军而被反复审查。
长女：马仰班，1953年逝世。
二女：马仰曹（1908-），后赴英国。
二女婿：是中华民国驻英国的代表，1949年后留在英国。
三女：马仰惠，1918年生。1945年与徐汤莘在重庆结婚。中华人民共和国时期，在北京生活，后来长期担任马寅初的生活秘书。
三女婿：徐汤莘
四女：马仰兰（1922-），在联合国总部工作，定居美国。
五女：马仰峰（1925-），在上海生活。
