该剧从顺治皇帝哀痛爱妃董鄂妃病故时讲起，直至康熙在位61年驾崩而止。第一次以正剧的角度浓墨重彩刻画了清朝初期康熙皇帝充满传奇的一生。
清顺治十八年，恶疾天花袭击皇宫，皇帝爱妃命丧黄泉，顺治痛不欲生，立意遁入空门。危急之际，孝庄太后力挽狂澜，下令改朱批，行蓝批，并将天花大病初愈年仅八岁的玄烨推上龙座，成为康熙皇帝。
康熙即位以后，鳌拜等权臣威迫有加，连孝庄太后也只好含辱。鳌拜亲政，开始，康熙改归皇权，权臣竟图谋废君改朝，康熙被迫殊死相争，最终知擒鳌拜，肃清政敌。
吴三桂等三潘拥兵自重，独霸一方，康熙年轻气盛，下旨撤潘，引发三潘之乱，朝延兵将屡被吴三桂击败，明皇后裔朱三太子也乘机举起反清复明的大旗。
太监造反，宫延大乱，康熙陷入绝境，意欲退位，在孝庄太后的怒斥与激励下，康熙重振精神，起用汉臣周培公，与吴三桂拼死一搏，到得了最后的胜利。
中国康熙时代，已经是国富民强，一片盛世景象。郑成功后裔郑经割台湾岛自立，不肯归降，蒙古葛尔丹也磨刀霍霍，推崇元大都立誓杀回北京，康熙为安扶葛尔丹将爱女嫁葛尔丹，誓缓西北局势。
然后起用明将施琅一举收复台湾，继而调转枪头率二十万大军，在辽阔的草原上进行了殊死的决战，全面消灭葛尔丹的余部，完成了中化民族版图的统一。
凯旋班师以后，孝庄太后归天，太子与权臣结成同党，意欲提前即们，康熙废除太子，引发夺嫡之争。千里宴上，康熙即将宣布立储遗旨，却猝死在龙座上，诏书随风飘落玉阶，无人知晓它的神秘。
