腊八蒜一般会在低温酸性的环境下腌制，只有低温才能激活大蒜中休眠的蒜酶，活化的蒜酶催化了大蒜细胞的生化反应。经过醋的浸泡，处于酸性环境之中的大蒜发生了一系列的色素反应：大蒜细胞中存在较多的含硫类生物活性物质，这些含硫化物在蒜酶的作用下，可生成硫代亚磺酸脂、丙烯基硫代亚磺酸脂、烯丙基硫代亚磺酸脂等物质，继而它们会经过一系列的反应生成大蒜色素。
通常，最初形成的色素为蓝色素（也叫蒜兰素）,蓝色素不稳定会逐渐转化为黄色素（也叫蒜黄素）。前期的时候，蓝色素更多，随着化学反应变化，蓝色素和黄色素会共存，在两种色素的叠加之下，此时大蒜会呈现出绿色。
大蒜会变绿的原因有二：
一是在低温环境下储存，大蒜就容易变色。因为低温会打破大蒜休眠，激活蒜酶，这是大蒜变绿的必要条件。因此，九月份以后储存的大蒜容易变绿，并且越来越多。
二是大蒜发生了氧化反应。因为大蒜发生了氧化，使得蒜里的蒜氨酸在蒜氨酸酶的作用下形成大蒜素，加快了大蒜变绿的时间。
如果这种酶被认为破坏，大蒜是无法变绿的。
