前美国特工伯恩与女友玛丽在印度过着平静的生活，对于过去他只剩下断断续续的记忆，究竟曾经发生过什么？他自己是谁？这些问题一直困扰着伯恩。一天一个陌生人对伯恩和玛丽展开了追杀，玛丽在逃跑的过程中不幸中弹身亡，满怀悲愤的伯恩决定将事情查个水落石出。
伯恩持护照来到欧洲，却被海关扣留。美国政府驻当地官员找伯恩谈话，期间接听了一个电话。伯恩发现该官员面部表情的微妙变化，于是先下手为强，将其打昏在地。伯恩复制了这名官员的手机电话卡，并在离开后对这部手机进行了窃听。伯恩发现美国中情局高层帕米拉曾经与这名官员通话，她要求将伯恩扣留押送到德国，并称伯恩曾在几天前暗杀了两名特工，是个极其危险的人物。一头雾水的伯恩决定到德国见一见帕米拉，弄清事情的真相。
事实上帕米拉一直都在寻找伯恩，她的两个手下被人暗杀，指纹显示为几年前“绊脚石计划”成员伯恩所为。“绊脚石计划”是一项高度机密的任务，当年参与这一计划的成员除了伯恩已全部丧生。在那个计划中曾有约两千万的款项不翼而飞，伯恩是重要嫌疑人。这几年中情局一直在寻找伯恩的下落，如今他终于在德国出现却杀死了两名特工。帕米拉不想让自己的手下白白丧命，她要抓住伯恩为死去的人报仇。于是帕米拉和同是中情局高层的沃恩带着一干人等来到德国，准备和伯恩周旋到底。他们还找到曾经为驻外特工提供后勤保障的妮基，因为她曾经和伯恩接触，对案情会有帮助。
伯恩接通了帕米拉的电话，他要求与妮基面谈。从妮基口中得知了帕米拉一行来德国的目的，伯恩明白有人陷害自己。虽然此刻伯恩已经成为全欧洲通缉的罪犯，但必定曾经是中情局的特工，那些抓捕他的警察全部被他玩弄于股掌之中。
伯恩凭着记忆来到一家酒店的房间，他忽然想起自己曾经在这里执行任务，杀死过一名俄罗斯政客和他的妻子，并伪造了现场。伯恩偷偷潜入自己的老上司沃德的房间，恰好听到他与俄罗斯实业家尤里的通话。此刻伯恩终于明白，是沃德在陷害自己。当年沃德利用“绊脚石计划”与尤里一起盗走两千万资金，此后设计将参与该计划的成员一一杀害，只有伯恩从中逃脱却患上了失忆症。尽管还有一年沃德即将退休，尤里也利用那笔巨款成为知名企业家，但几年来他们一直在寻找伯恩的下落。当打听到伯恩和玛丽躲在印度时，尤里派杀手到印度企图斩草除根，沃德则制造了几年前逃跑的伯恩重现并杀死特工的假象。
沃德知道自己已无路可逃，饮弹身亡。伯恩将他与沃德的对话进行了录音，并将录音机留给了帕米拉。帕米拉终于得知了真相，尤里也被绳之于法，但此刻她却不能向伯恩说一声抱歉，因为伯恩早已消失，开始了他新的潜伏生活。
该片于2004年7月23日在加拿大上映。 影片讲述杰森·伯恩被他过去的记忆阴影笼罩着，关系着绊脚石计划还有一个CIA的阴谋的故事。
