细菌屋的正确使用方法是将其放在过滤盒中，且放在过滤棉下面的一层，让水流先经过过滤棉，再经过细菌屋。细菌屋一般是圆柱体，中空且有许多孔隙，透气透水性好，方便鱼缸培养硝化细菌，从而维护鱼缸的水质。
细菌屋一般是高温烧制而成，投入使用前，需要先用清水浸泡，让有害物质释出，再放进鱼缸的过滤盒里，达到过滤水质和培养硝化细菌的作用。
如果是裸缸养鱼，没有设置过滤盒，可以直接将细菌屋、陶瓷环、滤沙等滤材直接放进鱼缸底部，它们的孔隙也能吸附部分杂质，也可以使硝化细菌附着。
需要注意的是，鱼缸里放的滤材越多，产生的硝化细菌也越多，而硝化细菌会消耗鱼缸的大量氧气，如果养鱼的密度大，就会导致鱼缸氧气不足，只有开启氧气泵才能避免鱼群缺氧翻肚子。
