导致珊瑚白化的有很多原因，其中最重要的一个因素是全球气候变暖。
随着全球气候变暖，海水中的二氧化碳含量提高，海洋温度也不断升高，海水酸化加剧。这一系列变化致使珊瑚生长所依赖的虫黄藻离开，藻类数量减少，继而珊瑚出现白化现象，珊瑚虫也会因缺乏养料死亡。而当珊瑚白化持续发生、大量珊瑚虫死亡时，仰赖珊瑚作为生存场所的无脊椎动物、鱼类等生物就会离开或者死亡，珊瑚礁的整个生态系统就会受到极大的损害，其生产力和多样性都会下降。同时，酸化的海水不但会对珊瑚虫的碳酸钙骨骼造成腐蚀，同时也让其碳酸钙骨骼合成更加困难。
生物侵害也会对珊瑚的生存造成威胁，而且这不光发生在大堡礁，在我国南海的西沙群岛、南沙群岛等珊瑚礁环境同样存在。
浑身长刺的长棘海星是珊瑚的主要天敌，珊瑚虫是它最喜爱的食物。它有十几个触角，能够像魔爪一样抓在珊瑚表面吸食珊瑚虫和其它能抓住的小动物，哪怕小的贝类也不放过。长棘海星所到之处，犹如战车碾过，只留下一片珊瑚白骨。
