在一个偏僻的乡村里，有一个十四岁的男孩，名叫尼尔斯。他的父母勤劳善良，但是尼尔斯却不爱学习，专做恶作剧，欺负小动物。
在一个初春里，他的父母去教堂了。他因为在家里欺负一个小精灵，被小精灵变成了一个拇指大小的小人儿。
就在这个时候，有一群大雁从空中飞过。院子里的雄鹅莫顿想要飞上天空与大雁们一起飞行。尼尔斯担心雄鹅飞走，父母会伤心。就紧紧地抱住雄鹅的脖子。却没想到，尼尔斯竟被带上了高空，随着一群大雁走南闯北。
在空中的旅途中，尼尔斯见到了许多有趣的事情、美丽的风景，也帮助过许许多多人和小动物。尼尔斯逐渐改正了缺点，懂得了学习和进步，养成了优秀的品德。
最终，尼尔斯告别了大雁，回到家中，解除了魔法，变回了人类。
