1. 经营模式不同：京东自营是京东公司自己经营的店面，而京东官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品。
2. 物流不同：京东自营一般使用自己的京东物流，发货快，送货速度也快；而京东官方旗舰店则是由品牌发货，要先从品牌仓库调货，发货和运输、配送时间较长。
3. 售后不同：京东自营的售后是京东给售后，而官方旗舰店的售后是品牌方自己做售后。
4. 价格不同：京东自营的商品价格一般比官方旗舰店商品价格要低一些。
两者的区别在于：
1、销售模式不同
京东自营的模式是B2B(厂家卖给京东)然后B2C(京东再卖给消费者)。
品牌方开的旗舰店的模式是B2C(由厂家卖给消费者)。
2、发货方不同
京东自营的发货方是京东官方。
官方旗舰店的发货方则是该品牌官方。
3、商品属性不同
京东的自营商品，好比大型超市，统一进货。
旗舰店好比却是大超市里一些柜台租给一些品牌商家自己经营。
4、物流不同
京东自营的物流是京东物流，发货速度快，有问题也可以上门取件更换。
官方旗舰店一般是入驻商家，有少部分会使用京东自营，但大部分发货属于第三方物流。
