君子兰的根不建议用碘伏消毒，因为它里面的成分主要是以碘为主的，并不适合用于植物上。
如果是要给君子兰消毒的话，使用高锰酸钾会比较好，这种消毒药剂也是很常见的，价格也很便宜，在稀释之后就可以消毒君子兰的根系了。在消毒之后是不能立刻栽种的，需要再次晾干后才能栽种。
不可以
切除烂根之后还有消毒，如果直接种新的土壤里，还是会继续烂根的，因为病菌还残留在根茎处。在消毒之后还可以将根茎沾一点生根粉或多菌灵，之后放遮阴通风晾到半干，不要完全干。
君子兰烂根用高锰酸钾或者多菌灵溶液进行消毒，首先讲君子兰取出来，将根系清理干净，并且将烂根用剪刀剪掉。然后用用高锰酸钾或者多菌灵溶液进行消毒，最后将其放在通风阴凉处，等伤口完全愈合就可以栽种了。
