1、制作工艺不同：
内酯豆腐，是以葡萄糖酸内脂为凝固剂所制成的，其生产过程中采用了加热凝固的方法，有一定的杀菌作用，并且后期的封闭式包装也防止了二次污染的问题。
水豆腐，采用石膏或者卤水做为凝固剂制成。将石膏或卤水倒入刚从锅中舀出的豆浆中，并用勺子轻轻搅拌，待豆浆凝结成豆腐花，在15分钟内用勺子轻轻将其舀进其他容器中。盛好后用木板压盖10-20分钟即成水豆腐。
2、保存周期不同：
内酯豆腐，可在室温为25℃下存放两天。
水豆腐，可在常温下保存5-6小时不变质。
3、质地口感不同
内酯豆腐，质地细腻，并且豆腐的色、香、味均优于普通豆腐。另外，由于无黄浆水排出，其可溶性成分损失小，提高了营养价值。
水豆腐，因为不同的水分含量导致其质地口感都不同，但普遍口味偏干。
内酯豆腐质地较软易碎，用于做汤，水豆腐质地稍硬易成型，适合红烧和清纯。
