《军舰岛》根据真实事件改编，讲述了日本强征400余名朝鲜人去端岛（因外形酷似军舰所以叫军舰岛）煤矿挖煤，并在投降前夕销毁罪证的最后的疯狂。
1945年，爵士乐团团长李姜玉（黄政民）带着推荐信和独生女素姬（金秀安）和被强征的劳工一起上了去端岛的船，在船上遇见中路黑帮崔七星（苏志燮）以及饱受日本统治磨难的末子（李秀贤）。
被骗的李姜玉的推荐信并没有派上用场，不过他的音乐才能为他提供了接近日本统治者的机会，也成为他带女儿逃跑的筹码。他一心想带着素姬逃离。
崔七星提出和现在的朝鲜人管理者单挑，结果他胜出，当上了老大。
也被宋中邱怀恨在心，因为一直不断向下挖煤，导致瓦斯泄露，朝鲜人的坑道出事，他被撤职。
朝鲜独立军要员朴武英（宋仲基）受OSS（美国战略情报局）指派去解救总统候选人尹学哲（李璟荣），他发电报需要钥匙，
而唯一能拿到钥匙的只有李姜玉，于是李姜玉提出条件必须带上他和素姬，而朴武英假装答应，在发电报时却只写下朴尹二人，李姜玉用电影胶片印下钥匙形状，找锁匠制作，三把钥匙到手。
朴武英带尹学哲逃跑时丢掉了他和素姬，在一间屋子内，朴武英揭穿了他在发电报时发现的尹学哲的阴谋，就在他要枪决尹学哲时，一直跟踪他的李姜玉和素姬出现，接着来了一个尹学哲的拥护者，形成三角对峙的局面，
美军扔下的炮弹分离了五个人。而记录朴武英罪恶的账本落在了李姜玉手里。李姜玉和素姬亲眼目睹尹学哲杀了他的拥护者，对朴武英的话深信不疑，救了朴武英。而朴也在这时决定要带着所有人一起逃出去。
朴武英处决了尹学哲，不同立场的众人从犹豫不决到团结一致，朴制订了逃跑计划并将任务逐队分配。
一帮人解救了被宋中邱陷害遭受酷刑的崔七星，崔七星拒绝和末子一起逃跑，带领弟兄断后，末子也留了下来。
计划在第二天毁尸灭迹的日军发现了在半夜逃跑的朝鲜人，他们疯狂扫射，而李姜玉带领众人搭起了攀爬出岛墙外的楼梯，
人们纷纷跳海，最后末子，崔七星和李姜玉牺牲。
运煤船上幸存的朝鲜人，看到了在长崎上空升腾的蘑菇云，这是1945.8.9.11:02，美国落下的原子弹爆炸。
影片斥巨资最大程度还原日本统治下端岛煤矿的实景，抗日题材并没有拍出“神剧”的即视感，在现实中，被奴役的中国人和朝鲜人并没有逃跑，而在影片中，没有出现中国人，增加了朝鲜人奋起反抗的情节
