《仙剑奇侠四》的结局交代的并不完全，只是给玩家留下了一个悬念。
结局最后——
天河等人回到人间，目送幻瞑界离去。随后，拜访清风涧二位长老咨询救菱纱的办法，不料，重光已死，青阳即将死去。青阳告知宗炼另留了手记，或有记载阻止使用双剑继而琼华飞升失败，避免更大的危机。天河等三人告别青阳长老，回到青鸾峰搜寻手记找出办法。经过紫英查询思考，发觉要阻止琼华飞升救下菱纱以及更多的人，可选的路太难。而天河依然想尽办法要阻止玄霄救菱纱。
飞至因飞升而冰封的琼华后，天河发现琼华弟子或疯或死，场面令三人心凉。找到玄霄后，天河劝他放弃修仙，玄霄不愿，天河不得不拔剑与玄霄抗衡。就在琼华飞升至昆仑天光时，九天玄女突然出现，表示代天授命，将琼华派所有人带往东海囚禁，琼华的成仙之梦终破灭。
天河利用神龙之息和后羿射日弓的力量射去了下坠的琼华，免去了人间一场浩劫；而由于天河是以凡人之躯而使用神器，所以天河的双眼失去光明是他付出的代价。
百年之后，青鸾峰上，木屋边静静地立着一座刻有“爱妻韩菱纱之墓”的坟。站在悬崖边的紫英遇到了归来的梦璃，傀儡梦璃也自此消失。梦璃走向菱纱的坟，抚摸着立在墓碑前的望舒。天河闻声打开木屋门，与梦璃“相见”
仙剑奇侠传4》结局：云天河战胜邪恶，打败玄霄，琼华派也灰飞烟灭。而云天河在战争中眼睛受伤，再也看不见了，菱纱和紫英对他悉心照料，之后菱纱去世，紫英依旧做着道士，而柳梦璃百年之后回来在青鸾峰顶看着天河。
少年时期的云天河祭拜自己的父亲时遇见了闯入墓室的少女韩菱纱，之后他又认识了柳梦璃，三个人很快就成为了好朋友。因为父亲死的早，所以云天河很好奇父亲之前的经历，因此他想去昆仑的琼华派做弟子，韩菱纱和柳梦璃决定和他一起去，于是三个人就这么成为了琼华派的弟子。
只不过琼华派现在已经被走火入魔的玄霄控制，变得乌烟瘴气。玄霄残害苍生，让百姓们苦不堪言，云天河知道玄霄的真面目后便决定替天行道，解决了他。三个人经历了一番磨难和挫折，最后成功的打败了玄霄，但是云天河的眼睛也在这场战争中受伤，最后他永远的看不见了。
