南京沦陷期间,朱元璋陵墓没有被破坏。事实上,朱元璋的陵墓位于南京市区中心的明孝陵,而日军并没有攻占南京市中心地带。此外,南京市民和中国军队也曾多次保护明孝陵不受侵犯。因此,朱元璋陵墓在南京沦陷期间得以幸存。