在《火影忍者》的续作《博人传：火影忍者新时代》中，大蛇丸的结局比较复杂，以下是大蛇丸在该剧情线中的最后命运：
在《博人传》中，大蛇丸已经被改造成了一个机器人，他的大部分身体都是机械化的。在剧情中，大蛇丸一直在寻找一种药物来治愈他的身体，同时也在筹划着一些阴谋。最终，大蛇丸的身体得到了治愈，但是他的精神状态却变得不稳定，甚至失去了记忆。
在剧情的最后，大蛇丸被博人和其他忍者们击败，但是他没有死亡，而是被送到了一个秘密设施中接受治疗。在这个设施中，大蛇丸的记忆被恢复，他重新变回了一个人类的形态。最后，大蛇丸向博人和其他忍者们表示感谢，并承诺自己会为世界的和平而努力。
