1、结构上，常染色质折叠压缩程度低，处于伸展状态。异染色质折叠压缩程度高，处于聚缩状态。功能上，常染色质转录比较活跃；异染色质没有转录活性。
2、常染色质与异染色质可以相互转换。常染色质与异染色质之间的转换被认为是一种调控基因表达和复制的机制。这是基于“可访问性假设”，基因的转录与表达在紧密压缩的染色质中更难完成，需要另外的机制，因而聚集较为松散的常染色质区域上的基因更容易进行复制和转录过程，这样的结构对于一些处于高表达量的基因尤为重要。一类经常处于活动的结构常染色质是编码一些细胞生存必需的蛋白的基因（又称居家基因，housekeeping genes）。
