南通有二个高铁站，南通站和南通西站。
1、南通站位于南通市港闸区永兴大道，为中国铁路上海局集团有限公司管辖的二等站，是宁启铁路的中间站。
南通站于2002年10月开工建设，2003年办理货运，2004年7月1日开办客运。2007年4月18日，南通站经扩建后投入使用。2016年5月15日，南通站正式开行动车组列车。
2、南通西站位于中国江苏省南通市通州区平潮镇，隶属于中国铁路上海局集团有限公司，是集铁路、轨道交通、公交等多种交通方式于一体的综合交通枢纽，始建于2019年，2020年7月1日，南通西站随沪苏通铁路赵甸至黄渡段的通车投入使用。
