南通高铁站目前有两个，一个是南通站，位于南通市崇川区幸福街道，北大街最北段，另一个高铁站位于通州区平潮镇，此高铁站也叫南通西站。
南通站位于南通市港闸区永兴大道，为中国铁路上海局集团有限公司管辖的二等站，是宁启铁路的中间站。
南通站于2002年10月开工建设，2003年办理货运，2004年7月1日开办客运。2007年4月18日，南通站经扩建后投入使用。2016年5月15日，南通站正式开行动车组列车。
高铁南通西站位于通州平潮东南侧，是沪通铁路、盐通铁路和通苏嘉城际铁路的共用站，西站枢纽集高铁、地铁、公交、长途客运、出租车、社会车辆等各种运输方式于一体，相当于南通版的“虹桥枢纽”，始建于2019年。
