南京农业大学最好的专业包括以下一些：
植物保护：南京农业大学的植物保护专业是国内最早创建的同类专业之一，是国家一级重点学科和特色专业，具有很高的学科水平和影响力。该专业注重理论与实践相结合，学生需要学习植物病理学、昆虫学、农药学等方面的知识，同时需要进行实验和实习。
作物学：南京农业大学的作物学专业也是国家一级重点学科和特色专业，具有很高的学科水平和影响力。该专业主要研究作物的生长发育、产量和品质形成规律，以及作物遗传育种和种子生产等方面的知识。
土地资源管理：南京农业大学的土地资源管理专业是国家特色专业之一，也是江苏省“十二五”重点学科之一。该专业主要研究土地资源的利用、管理和保护等方面的知识，注重理论与实践相结合。
农业资源与环境：南京农业大学的农业资源与环境专业是国家特色专业之一，也是江苏省“十二五”重点学科之一。该专业主要研究土壤资源、水资源、肥料、农药等方面的知识，注重理论与实践相结合。
园艺：南京农业大学的园艺专业是国内最早创建的同类专业之一，是国家特色专业之一。该专业主要研究果树、蔬菜、花卉等园艺作物的生长发育、栽培技术、病虫害防治等方面的知识，注重理论与实践相结合。
南京农业大学还有许多其他优秀的专业，如农业机械化及其自动化、农村区域发展等。
生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理，这几个专业都是国家级特色专业。
南京农业大学最强的学科是作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理，这几个学科在2017年第四轮学科评估得分A+，属于全国第一的水平。其他比较强的学科有公共管理（得分A）、食品科学与工程、园艺学（得分A-）。
