蘑菇、香菇、平菇（包括姬菇、秀珍菇、杏鲍菇、白灵菇等）、金针菇、猴头菇、竹荪等栽培食用菌，以及松乳菇、松茸等纯化中的食用菌，均可采用组织分离法获得菌种。
现以香菇为例说明组织分离法的主要步骤。
（1）选择种菇按上述标准挑选种菇，采收后装入无菌纸袋内（忌用塑料袋）。
（2）组织分离在无菌条件下，先用酒精棉球对菇体进行表面消毒，然后手持菌柄，将香菇撕成两半，取手术刀经火焰灭菌、冷却后，在菌盖、菌柄交界处（如香菇、蘑菇等）或菌柄的上部（如金针菇、蛹虫草等）挑取一小块（米粒般大小）菌肉，移植到PDA斜面上（事先配制并灭菌备用），即可转入培养观察阶段。
（3）培养观察上述组织分离物在25℃条件下，经过3～5天即可看到分离物表面长出白色绒毛状菌丝，呈星芒状在培养基上生长。
培养期间，应每隔1～2天检查1次，随时淘汰霉菌或细菌污染的培养物。
培养10～15天后，再作1次转管培养，即可得到香菇母种。
然后经栽培试验，确认其可以正常出菇后方可用于菌种生产和栽培。
