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大棚施入未完全发酵的有机肥必然造成环境污染，造成烧苗，死苗，减产，以至于最终导致大棚减收。大棚施用的有机肥，必须是完全发酵好了的有机肥。这样才能在大棚施入，如误将没发酵好的有机肥施入大棚的话，就要适当的加一些水或土，进行浓度稀释，这也就是没有办法的办法了。
没有彻底腐熟的有机肥，几乎都是农户自己利用周边资源配置的。没有系统的化验设备和腐熟环境等，很难达到标准化有机肥的质量。危害大致如下：
1. 未腐熟堆料会产生二次发酵，发酵产生热量烧伤根尖。而且周期较长，1—3年的周期。周期较长，破坏力较大。
2. 腐熟过程中释放有毒物质，毒害根系。
3. 带入病菌，虫卵。极易造成病虫害，影响整个地块。
4. 肥效缓慢。未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。由此可见，生粪或是未腐熟的动物粪便不能直接施。
5. 导致土壤缺氧。未腐熟的物料在分解的过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受抑制。
