回交育种法主要应用于：①常规育种中有利性状的转育。②选育近等基因系。即除了一个性状的基因型不同外，其他所有基因型都相同的一类品系。利用近等基因系可在同一遗传背景下比较某些基因的作用，并可把抵抗不同病菌生理小种的近等基因系混合成多系品种，以控制某些病害的流行。③单体、缺体、三体的转育。④细胞质雄性不育系及核不育系的转育。⑤克服远缘杂种不育性。
回交育种只要亲本选配得当，在较小的群体内选择，就能有把握地收到改良品种的预期效果，也不必经过多级产量比较试验，便可直接在原品种种植的地区推广。但由于选育出的品种与轮回亲本基本相似，因此，较难获得突破性成果。
