蝙蝠的死亡通常是由疾病、寄生虫感染、营养不良、意外伤害、自然灾害或人类活动等导致的。这些因素都可能对蝙蝠的健康产生负面影响，使其死亡。
同其他动物一样，许多蝙蝠也在自然界越来越少，趋于灭绝。用于消灭昆虫的毒剂和木材保护药剂等把它们在冬眠的时候药死，许多错误的观念也使人类大批地捕杀它们。
一些种类栖居的空心树木被伐掉了，废墟被拆除或者被重修得严丝无缝，使其无法生存。蝙蝠在维护自然界的生态平衡中起着很重要的作用，各种食虫类蝙蝠能消灭大量蚊子、夜蛾、金龟子、尼姑虫等害虫，一夜可捕食3000只以上，对人类有益
