肠道菌群检测一般检测的样本为新鲜粪便样本。
目前肠道菌群的检测方法是多采PCR荧光探针法检测粪便中几种有代表性的菌群核酸的数量，检测目标为菌群的基因核酸。该方法具有特异性高，不易受其他物质干扰的优点。
一般客户购买检测产品后，自行按照说明在家采集新鲜的粪便样本，放置于自带保存液的保存管内，手机扫码进行绑定后，预约快递上门取件，样本邮寄公司后进行检测，检测报告通过公众号给到客户。
肠道菌群的检测可通过粪便培养进行。通常情况下，人体新排出的粪便被放入一种特殊的细菌培养基中进行细菌培养。通过对细菌的培养可以知道细菌的种类和每种细菌的具体数量。正常情况下，人体肠道中的细菌种类相对固定，细菌在各种细菌中所占的比例相对固定。各比例的细菌相互作用，维持正常肠道菌群环境，保证肠道正常功能。如果发现细菌种类比例或数量失衡，一些病原菌的过度生长会影响肠道的正常功能，并出现腹泻等症状
