大金刚菩提子手串五瓣和六瓣的区别在于瓣数，但两者本质上没有好坏之分。五瓣和六瓣的大金刚菩提子手串都可以带来吉祥、平安、福寿等祈愿效果，且都是珍贵的佛教法器。选择五瓣还是六瓣，主要取决于个人喜好和信仰。有些人认为五瓣代表五行，六瓣代表六度，各有其含义和象征意义。因此，无论是五瓣还是六瓣的大金刚菩提子手串，都是值得拥有的佛教文化精品。
按照珍稀程度，五瓣与六瓣的金刚菩提子都十分珍贵，但是两者相比六瓣的则更为稀少，所以六瓣的会更好。
按照稀见程度来排列的话。大致如下：
一级：常见：5瓣。
二级：比较常见：6瓣、4瓣、小7瓣，非圆形2瓣
三级：较为稀少：大7瓣、8瓣、真三瓣（圆形3瓣，非长寿）、象鼻金刚
四级：稀少：月牙1瓣（大39MM及以上）、联体金刚（2个联）
五级：极少：真2瓣（圆形）、联体金刚（3个联）
六级：极品：真1瓣圆形
在传说中，菩提子最多可以达到21瓣。
