区别如下：
第一，名称不一样，分别是北大医学部和北京大学，
第二，侧重点不一样，北京大学医学部主要是招生医学类的学生，他的主要专业是临床医学，基础医学等医学类专业，而北京大学是一所综合性的大学，他除了医学专业之外，其他的专业很多很多的。
北京大学医学部创建于1912年，前身是国立北京医学专门学校，是中国政府教育部依靠中国自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立学校。
2000年4月3日，原北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部。
两校合并后，北京大学医学部在行政体制上隶属于北京大学，医学部学生的毕业证由北京大学颁发，从这一点来说，两者没有区别。
