海边小镇，5岁的小男孩宗介，与家人们居住在位于悬崖上的别墅中。某天，宗介捡到了一个空的果酱瓶子，饼子里有一条头被卡住了的小鱼，它就是故事的主人公金鱼公主小波妮。波妮本来是乘在海蛰的背上离家出来玩的，不想却被一个奇怪的瓶子卡住了大大的头。宗介帮助它从果酱瓶中解脱了出来。从那以后，他们开始喜欢上彼此。 但是，波妮有时会被曾经是人类的父亲藤本领回海中。尽管如此，波妮的心中逐渐萌发了“想要成为人类”的想法，并在妹妹们的帮助下，波妮偷走了父亲的魔法，向人类的世界游去，它希望自己能变成像宗介那样的人，谁知却引来了巨大的灾难……
