1、外观不同
小番鸭外貌似鸭非鸭，似鹅非鹅，个头比鸭大，比鹅小，站立时体躯与地面平行;喙基部和头部两侧有红色皮瘤，不生长羽毛;腿短而粗壮，胸腿肌肉很发达;翅膀长达尾部，能作短距离飞翔。
小水鸭又名蚬鸭，学名叫绿头鸭，古代称为野鸭、晨鸭等。水鸭是体形非常小的河鸭属，体长在四十厘米左右，其雄鸭头颈部为栗褐色，从两侧眼的周围，会有颈侧分布着绿色的色带，另外鸭子的嘴边会有一条淡白色的细线。雌鸭基本是褐色的羽毛，非常好区分。
2、科属不同
小番鸭是鸭科栖鸭属疣鼻栖鸭的驯化种，传入中国称为“番鸭”，番鸭又名香鹑雁，麝香鸭，红嘴雁，与一般家鸭同属不同种。番鸭原产于中、南美洲热带地区。
而小水鸭是鸭科鸭属绿头鸭的后代，也有部分斑嘴鸭的血统。
