存在问题及原因分析：
1、运行管理机制不完善 饮水安全工程运行难以持久的一个很重要的原因就是：重建设、轻管理，建设与管理相分离。设计欠缺，施工粗放造成了饮水安全工程建设的先天不足。
2、运行成本偏高 饮水安全工程工程的特点是：点多、面广、规模小，服务对象为弱势群体，水费少，成本偏高，经营管理难度大，目前电价是按农村排灌电价计收，平均0.36元/度，水价2.0元/吨，电费占水价的30--40%左右。
3、资金投入不足 农村饮水安全工程规模大、投资多、确保建设资金足额到位，是完成饮水安全工程全覆盖任务的关键。 在资金筹措上，主要是靠中央国债资金、地方配套及各受益村群众自筹资金。由于部分村的经济条件差，自筹资金无法足额到位，村入户工程的管槽土方开挖、土方回填、路面恢复，入户水表井一律由群众投工投劳解决，导致工程不能按高标准、高质量原则完成任务。
