小叶紫檀的生命力比较强，在幼期的时候就可以进行适当的修剪处理，以利于株型的美观，此时主要以摘心抹芽为主，可将枝干上的顶端优势去掉后，抑制株型的高度，之后要根据长势进行二次摘心，以提升株型的观赏价值。
造型修剪主要是根据植株的生长特性和盆景的艺术造型相结合，主要将树木的枝干进行适当的疏剪，可根据自己的爱好剪成自己喜欢的造型，同时还要剪掉影响美观的枝条，一些过长枝和长短不一的枝条也要剪掉，使其剪成自然形态。
花后修剪是小叶紫檀盆景如何修剪中的重要条件，这时候要将植株上的残花和未开过的花全部剪掉，此后还要将多余的花枝进行疏剪处理，只需要保证每个主枝上有2～3个分枝，此外也要剪掉病虫枝和枯枝，以促使新芽的萌发。
