不宜与马铃薯，西红柿混种，若混种，会加重病虫危害，影响产量与质量。马铃薯容易生蚜虫，一旦马铃薯感染病毒病，这种病毒会通过蚜虫传播到南瓜上，发生病毒危害。
不宜与矮棵作物小白菜，空心菜，葱蒜不能混种，混种后，南瓜的茎蔓营养生长好于作物，以致混种作物在光合作用，土肥水供给与利用上处于弱势，降低混种植物的综合抗逆性，易患各类真菌性危害，细菌性病害。
不宜与丝瓜黄瓜等攀沿性作物混种，虽然都是攀沿作物，但是南瓜在搭架上的营养生长速度远超过丝瓜黄瓜，而且在植株外观上，极易影响混种作物光合作用，影响作物结实，减损作物种植收益
