复合肥、有机肥、微生物菌肥是目前三大类肥料，这三者当然可以混合使用，不过一般菌肥是伴随有机肥而生的，很少单纯的伴随复合肥使用，因为菌肥主要是微生物，微生物赖以生存的是有机质，而复合肥往往是无机盐，微生物难以从无机盐获得养分而生存，所以不建议菌肥和复合肥混用，但是可以和有机肥混用，并且有机肥和复合肥搭配使用效果会更好。
不过实际使用过程中，也是随着使用环境的不同而千变万化的，有机肥往往是把生的粪肥或者有机物，通过微生物的作用，转化出来的肥料，核心是转化，所以有机肥往往不仅仅是肥料，还富含大量的微生物，因此往有机肥里掺杂一些菌肥，是有点浪费的。
复合肥说白了，就是无机盐，撒在土壤里植物吸收充分，但是往往也存在一定的浪费，比如有些植物对氮磷钾的需求量不同，造成部分的元素在土壤积累，所以在用复合肥的时候，和菌肥同时使用到土壤里，也可以因为菌肥微生物的加入，微生物和植物根系互利共生，可以减少部分元素在土壤里的积累，也是有一定效果的，不过微生物赖以生存的，还是泥土里的有机物和植物互利共生，单纯的把菌肥和复合肥搞在一起，作用是不大的。
因此有机肥在土壤里养分全面，可以作为基础性肥料，并且还可以提供部分微生物，这样植物也会更健康，而复合肥成分单纯，可以对植物的特定生长期提供充足的大量元素，起到增产增收的效果，所以没有使用哪个最好，而是合理而科学的根据植物生长特性进行使用，效果最好。
不过有一定需要特意说明，那就是有机肥或者菌肥，不建议和杀菌剂混用，因为杀菌剂会对肥料里的有益微生物有伤害，导致效果降低。
