神医喜来乐一共有两部，第一部主要说的是喜来乐救病治人以及与两位夫人的感情路线，那么第二部说的又是什么故事？能跟第一部一样精彩吗？清末，沧州民间神医喜来乐因得罪朝廷权贵，被流放东北。时至庚子年八国联军入侵北京，喜来乐又被卷入时代的漩涡中。
侵略者水土不服身染怪病，西医束手无策，喜来乐的死对头向洋鬼子举荐其当军医。但他不愿当汉奸，故而出逃以致身陷匪巢，却意外受到匪首之女金山娇的青睐。这个忠肝义胆女强人，给喜来乐的命运带来了巨大的改变，因为喜来乐，她闯皇城、入军营、劫法场，又随其到西安为太后和皇上治病。期间她与已成为喜来乐正室夫人的赛西施发生摩擦，最终由抵触到接受。
国难当头，宫廷的内斗却并没有终止，喜来乐身处党争之中，左右为难。凭借精湛的医术和智慧，他在慈禧、光绪、袁世凯和侵略者面前最终坚强地活了下来。最后，侵略者撤军，太后和皇上先后辞世，袁世凯等军阀掀开中国战乱的序幕。喜来乐对大清国彻底厌烦和绝望，他带领全家再次避往关东。
