1、缸壁用刮藻刀处理，然后换水吸走
2、用除藻螺，比如鲍鱼螺啃噬
3、从根源上，减少灯光，补充CO2，补充适量的磷酸二氢钾
4、简单粗暴，翻缸换新泥
绿斑藻经常容易出现的位置在，鱼缸壁、阔叶阴性水草叶片表面如大榕、小榕等。当水族缸的二氧化碳或者磷酸浓度偏低，且光照强度过高、光线反射效果不好时，绿斑藻便出现了。
观察发现，绿斑藻质地很坚硬，常见的食藻鱼对于清除绿斑藻的功效实在有限。目前来说唯一能有效刮除绿斑藻的生物，就非斑马螺（也有人称彩蛋螺），斑马螺是清理绿斑藻唯一最有效的食藻生物。所以，要想很好的清除绿斑藻，就可以尝试饲养一些非斑马螺哦。
此外，要想清除绿斑藻还可以使用青苔鼠、螺等生物治理；又或者养殖者能勤快一些，定期的擦拭鱼缸壁，清除绿斑藻。同时，还有一些专家建议，要清除绿斑藻可以考虑使用K2HPO4或KH2PO4来增加水中的磷酸浓度，或者将磷酸控制在0.3-0.5ppm，这些方式都能有效的抑制绿斑藻。还与学者认为，只要当水族缸的磷酸超过1ppm以上，绿斑藻就不再出现了。
