《我的莫格利男孩》结局是莫格利与凌熙在一起了，两个人经历层层磨难，彼此携手共进，最后终于得到众人的祝福，有情人终成眷属。但是主角凌熙和莫格利却似乎没有一个美好的结局，莫格利找到了自己的亲生父母，就扔下凌熙，和亲生父母一起出国了。自此失踪，人间难寻他的足迹。
故事的最后，凌熙才在储时口中得知他生病并且走了的消息。大结局欢聚一堂，莫格利与父母相认。这部爱情片并不是完全意义上的爱情片，剧情掺杂了凌父、郑父的公司与森林野生动物的恩怨。剧中慈祥和蔼的郑伯伯摇身一变成了最大的反派，让许多人都惊诧。最终，莫格利与郑伯伯斗智斗勇，终于让这个大反派为自己当年所做的事付出了代价，但是这时剧情也埋下了一个伏笔。这时候的郑伟钰已经生了病，并且他在最后抓伤了莫格利的脖子。大家都没有把这件事情发在心上，只知道莫格利成功了打败了反派，并不知道他也受了伤。
众人欢聚一堂庆祝的时候，每个人都成双成对，看起来幸福又圆满，坏事做尽的凌宇也成功洗白。得到了原谅，还抱得美人归，与心里只有他的痴心女孩储时走到了一起。凌父与凌宇妈妈的关系也得到了凌熙的认可；郑理也追到了心中的女神白艺凌。凌熙和莫格利也好好地在一起。所有的人看上去都很幸福，除了莫格利。这时的莫格利已经知道了自己的情况，只是没有机会跟凌熙说，并且他也不想凌熙知道这件事，他宁愿自己一个人悄悄地走。后来他们在看老照片时无意间发现储时的父母就是他的父母，正好储时的父母要离开中国。回到国外，他就借这个机会和他们一起回去了。
莫格利中毒离开，牵强附会也是必然。凌熙曾经向莫格利求了许多次婚，都因为一些上一辈的事情没能实现。在结局时，凌熙又一次向莫格利求婚，但是莫格利依然顾左右而言他，不直面凌熙的问题，还说她愁嫁。尽管莫格利没有回应，心大如凌熙也没有多想。后来莫格利跟凌熙抓鱼的时候，莫格利出现眩晕的症状。他就知道自己不得不离开了，他不想让凌熙伤心，但是更不想让凌熙看着他离开。后来，莫格利失踪，三年后，储时哭着打来电话说，莫格利化学脑中毒，已经走了。
