叶企孙晚年由于被人限害得不到重要而落魄，积畜花光了，也有部分是被掠夺了，没有了新的生活来源最后只能是沦为乞丐。
叶企孙之所以晚年落魄至此，离不开他曾经教过的一名学生。这名学生名叫熊大缜。
抗日战争爆发后，熊大缜也有着一腔热血，想要上战场去和敌人厮杀。事实上他也确实这么去做了，但是结果却不尽人意。在熊大缜抗日报国的过程中，他因为种种误会，被扣上了特务的罪名，最终死于非命。
叶企孙在听说了这件事后，第一反应就是要为熊大缜叫冤。毕竟熊大缜作为叶企孙带过的学生，他的为人品行如何，叶企孙是再清楚不过。因此这件事一传出来，叶企孙就不愿相信熊大缜会出卖祖国，于是想尽办法要替这位被冤死的学生，讨个公道。
只是想要为人证明清白，是何其困难的一件事，尤其还在当时的那种社会背景下。所以叶企孙不仅没有成功为熊大缜洗刷冤屈，反而他自己也背上了“通敌卖国”的骂名。
甚至到后来，叶企孙也因为这件事，失去了自由，离开了奉献大半辈子的讲台。这个时间段，可以说是叶企孙一生最为灰暗的时光，无论是身体还是精神，他都承受了极大的压力。
可即使在这样艰难的情况下，叶企孙还没有放弃对熊大缜的信任，他不止一次的告诉众人：我是一名科学家，我不会说谎。然而叶企孙的言语，在当时的环境下，显得太过苍白。
即使有人愿意相信他的话，也不敢表露出来。哪怕后来叶企孙获得了自由，他也已经落得一身伤病，甚至为了不连累他人，一生未成家的叶企孙，只能靠着乞讨过日子。
哪怕在大街上，曾经被他教过的学生，认出了这位师长，打算上前伸出援手，叶企孙也会在学生走到他面前之前，赶紧躲得远远的。
这样的日子，一直维持到1972年。叶企孙终于被正名，他的生活也总算有了着落，只是熊大缜身上的罪名，并没有被洗刷掉，所以叶企孙也一直没有等到重回清华教书的那一天。
1977年，早就落下一身伤病的叶企孙，最终在医院抢救无效，永远的离开了人世。而叶企孙在咽下最后一口气前，还不停的念叨着：回清华、回清华……
