主要方法：
【1】导入植物受体细胞：
（1）农杆菌转化法。
农杆菌是土壤中的一种微生物,在自然条件下感染双子叶植物和裸子植物,对大多数单子叶植物没有感染能力.农杆菌进入植物细胞后,其Ti质粒上的T-DNA会转移到受体细胞染色体的DNA上,是目的基因进入植物细胞。
（2）花粉管通道法：
在授粉后向子房注射含目的基因的DNA溶液，利用植物在开花、受精过程中形成的花粉管通道，将外源DNA导入受精卵细胞，并进一步地被整合到受体细胞的基因组中，随着受精卵的发育而成为带转基因的新个体。该方法于80年代初期由我国学者周光宇提出，我国目前推广面积最大的转基因抗虫棉就是用花粉管通道法培育出来的。该法的最大优点是不依赖组织培养人工再生植株，技术简单，不需要装备精良的实验室，常规育种工作者易于掌握。
（3）基因枪法：
该法又称粒子轰击(particle bombardment)，高速粒子喷射技术(High-velocity particle microprojection)或基因枪轰击技术(gene gun bombardment)，是由美国Cornell大学生物化学系John.C.Sanford等于1983年研究成功。主要适用于单子叶植物。但转化效率较低。
基因枪根据动力系统可分为火药引爆、高压放电和压缩气体驱动三类。其基本原理是通过动力系统将带有基因的金属颗粒（金粒或钨粒），将DNA吸附在表面，以一定的速度射进植物细胞，由于小颗粒穿透力强，故不需除去细胞壁和细胞膜而进入基因组，从而实现稳定转化的目的。
【2】导入动物受体细胞：
显微注射法：显微注射法（microinjection）是利用管尖极细（0.1至0.5μm）的玻璃微量注射针，将外源基因片段直接注射到原核期胚或培养的细胞中，然后藉由宿主基因组序列可能发生的重组（rearrangement）、缺失（deletion）、复制（duplication）或易位（translocation）等现象而使外源基因嵌入宿主的染色体内。
【3】导入微生物受体细胞
感受态法：先用Ca离子处理细胞,使细胞处于一种能吸收周围环境DNA分子的生理状态,这种细胞为感受态细胞,后将重组表达载体DNA分子溶于缓冲液中,在一定温度下促使感受态细胞吸收DNA分子
