按经费来源方式分有以下三类。
一。公益一类事业单位是全额拨款事业单位，主要包括政府机关下设的各类服务中心，如社保服务中心、民政服务中心，疾控中心以及基层学校教师。
二。公益三类事业单位，是常自收自支事业单位，常见的有公证处、会展中心等机构，这些事业单位有着明显的创收能力。
三。公益二类事业单位，差额拨款事业单位，分类会更加复杂。差额事业单位当中，等额拨款的事业单位算是一类，对于这类差额事业单位来说，单位内部所有的干部职工，财政只负责干部职工基础工资部分，其他绩效奖金部分，则由单位自己去营收，财政只给一个基数，在这个基数范围之内，单位可以根据自身的能力给干部职工进行发放，这类事业单位当中，常见的就是设计院、勘测院等类似的单位。
在差额事业单位当中，差额拨款单位也算一类，对于这类事业单位来说，单位内部的干部职工，因为岗位的不同，工资的发放方式也不同，一部分干部职工的工资收入由地方财政给予足额保障，和全额拨款的事业单位干部职工没什么区别，而另一部分干部职工的收入，则要靠单位自己的营收能力来保障，财政在这方面是不管的，这也是差额事业单位的一种，常见的有电视台、医院等事业单位。
公益三类很多都是自收自支性质的事业机构，维持事业单位“名分”，实际上是作为企业在经营，如公证处、各类公益培训机构、部分公办报纸杂志等。
公益三类和生产经营类事业单位一样，基本上都要改企，剥离体制。
