1、证书性质不同。简单来说，初级会计师证书是入门证书，而注册会计师是审计行业的关键凭证，含金量明显更高。
2、就业方向不同。注册会计师通常从事的行业是审计，可以选择的企业和岗位很多，发展空间大；而初级会计师更多就是简单的会计工作，就业方向较为狭窄，发展容易受到限制。
3、报考条件不同。想要报考初级会计考试，最低高中学历就可以报考，但注册会计师则需要最低大专学历才可以报考，或者已经取得了本专业或相关专业的中级职称(包括中级会计师)。
4、考试难度不同。初级会计师在1年内通过2个科目的考试即可拿到证书，考试涉及的内容不多，整体难度不大，而注册会计师不仅要通过全部6个专业阶段科目的考试，而且还要通过2个综合阶段科目的考试，考试内容涉及广发，而且考试难度极大。
5、考试科目不同。初级会计师考2个科目，分别是《经济法基础》和《初级会计实务》，而注册会计师专业阶段考6个科目，包括《会计》、《税法》、《经济法》等，专业阶段考2个科目，即《职业能力综合测试》卷一和卷二。
