目前主校区在九龙湖,属于江宁区。但注册地在老校区玄武区。因此,本质上属于玄武区。
南京东南大学有三个校区。东南大学四牌楼校区位于南京玄武区,是东南大学老校区。九龙湖校区位于南京市江宁区秣陵街道双龙大道是新校区。南京丁家桥校区位于南京鼓楼区。