形状不同：蜜瓜的形状为圆球形、扁圆球形或椭圆形，哈密瓜形状有椭圆型、卵圆形、长棒形、圆形等。
产地不同：蜜瓜主要产自中国、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦等地，哈密瓜主要产自中国。
品种不同：蜜瓜是葫芦科蜜瓜属多年生藤本植物，有河套蜜瓜、香蕉蜜瓜等品种，其肉脆汁多，味极甜，兼有梨、苹果、香蕉和蜜桃等水果浓香味。
哈密瓜是我国新疆维吾尔自治区哈密地区的特产，其风味独特，瓜肉肥厚，清脆爽口，含糖量比较高，最高达21%。
哈密瓜品种较多，有黄旦子、纳西甘、包孜可口奇、黑眉毛密极干、青麻皮密极干、青皮冬瓜等品种。
