如果在同样情况下，料未发生污染的前提下，生料产量最高，发酵料其次，熟料较低。
这是因为生料未经高温处理，培养料未被破坏分解，营养最全，能被平菇吸收最多，所以相对产量较高；发酵料经高温发酵后，料内养分少有分解破坏；熟料经100℃高温10小时的蒸煮后，料内养分破坏最多，所以相对产量较低。但如掌握不当，天气高温多湿情况下，生料易受污染，发酵料次之，熟料污染机会相对减少，所以通常熟料比较稳妥，但手续繁、成本高。熟料接种后，发菌快，前期产量高；生料则发菌慢，前期产量低，后期产量高。
根据以上情况是否考虑应用生料还是熟料，要因地制宜。北方西北地区气温低，温度小，有经验的可选用生料栽培；东南沿海气温高湿度大，生料栽培风险大。熟料较稳；秋季温度有高向低，污染机会少，适当可用生料栽培，春季气温由低转高，不宜生料栽培。另外，生料栽培应加大接种量，以利加快发菌速度。
用棉籽皮种植蘑菇产量高，棉籽皮的营养成分高，各种营养成分的比例与蘑菇最接近，生物转化率高，投料产出比最高可达1:1.5，既既每投入1公斤棉籽皮最多可产1.5公斤蘑菇。
