县市区旗是指整个北京市吗（北京的区下面还有县吗）

这个不是指北京市，北京目前只有区级地方行政机构，没有县或者县级市。也没有少数民族的旗。北京现有地名中的旗，只是清朝入关后，部队驻扎的地方，时间长了也就成了地名，不是具体的行政区划。北京是直辖市，行政区域决定它没有其他的少数民族旗。