臭氧在水中对细菌、病毒等微生物杀灭率高、速度快，对有机化合物等污染物质去除彻底而又不产生二次污染，可以达到阻垢、除垢、杀菌除藻、防腐蚀与稳定水质的目的。
由于臭氧比空气重，在空气中呈弥漫性下沉，不易到处漂浮，所以臭氧设备的使用不受畜禽舍的结构模式影响，无论是封闭式或开放式畜禽舍（夏季，随着通风换气频率的增加，同样容易将细菌病毒带入畜禽舍，侵害畜禽。）同样有效。 使用养殖场臭氧发生器生成臭氧水养殖场饮用水消毒，只需要在用水点末端保持0.2mg/L臭氧浓度，就可以彻底杀灭细菌，并清除生物膜。
除此之外，臭氧水还可用于养殖场圈舍的空间喷雾消毒、清洗消毒和人员消毒。
