总局直属单位：
国家环境保护总局环境应急与事故调查中心 国家环境保护总局机关服务中心、中国环境科学研究院 中国环境监测总站、中日友好环境保护中心中国环境报社；
中国环境科学出版社 国家环境保护总局核与辐射安全中心、 国家环境保护总局环境保护对外合作中心国家环境保护总局南京环境科学研究所、国家环境保护总局华南环境科学研究所；
国家环境保护总局环境规划院、国家环境保护总局环境工程评估中心、国家环境保护总局北京会议与培训基地、国家环境保护总局兴城环境管理研究中心、国家环境保护总局北戴河环境技术交流中心。
派出机构：
国家环境保护总局华东环境保护督查中心、国家环境保护总局华南环境保护督查中心、国家环境保护总局西北环境保护督查中心、国家环境保护总局西南环境保护督查中心、国家环境保护总局东北环境保护督查中心、国家环境保护总局北方核与辐射安全监督站；
国家环境保护总局上海核与辐射安全监督站、国家环境保护总局广东核与辐射安全监督站、国家环境保护总局四川核与辐射安全监督站、国家环境保护总局东北核与辐射安全监督站、国家环境保护总局西北核与辐射安全监督站。
社会团体：
中国环境科学学会、中国环境保护产业协会、中华环境保护基金会中国环境新闻工作者协会、中国环境文化促进会、中华环保联合会。
