通气孔的通风量大小要根据胚胎发育阶段而定，孵化初期，胚胎需要氧气不多，此时孵化机通风孔打开一点即可，一般孵化的头几天，每天换气两次，每次3小时。孵化中后期，胚胎代谢旺盛，需要氧气和排出二氧化碳增多，通气量应加大。一般是孵化7天后，或者连续孵化，孵化机内有各期胚胎时，应打开进出气孔，不停地通风换气。尤其当机内的种蛋胚胎即将破壳出雏的状况下，更应持续换气，否则易闷死雏鸡。此外，孵化室内也要注意通风。
通风换气的目的是排出孵化器内的污浊气体，换进新鲜空气，有利于胚胎的气体代谢，促进其正常发育。如果通风不良，孵化器内的二氧化碳含量达到1%时，则会造成胚胎发育迟缓，胎位不正或畸形，或引起胚胎中途死亡。
