里昂（让·雷诺饰）是意大利裔的顶尖职业杀手，一直孤独的住在纽约小意大利，只有一株盆栽是他最好的朋友。他形容：“他比人友善多了。他跟我一样沉默，从来不会问问题，也不会想杀我。他也跟我一样，没有根。”他虽然身怀绝技，但内心非常缺乏安全感。他甚至从不敢睡在床上，而是坐在椅子上睡，并把枪放在手边。
一天，12岁的邻居女孩玛蒂达（娜塔丽·波特曼饰）从外归家，路过走廊时看清了被血洗的一家大小，机灵地不动声色忍痛直接走往邻居里昂敲开他的房门，要求在他家暂避杀身之祸。原来，玛蒂达当毒贩的父亲因私吞了一包缉毒局警察黑吃黑的毒品，而遭恶警诺曼·史丹菲尔（加里·奥德曼饰）诛杀全家。玛蒂达因为出门帮里昂买牛奶逃过一劫，当下只好不动声色向里昂求救收留。在得到里昂的收留后，开始帮里昂管家并教他识字，里昂则教她杀手的技能，两人渐渐生起似父女又似恋人的复杂情愫。
之后玛蒂达跟踪史丹菲尔，贸然去报仇反倒被抓。里昂及时赶到，将她救回。他们再次搬家，但玛蒂达还是落入史丹菲尔之手。这次史丹菲尔调动了超过200名警力与火箭炮等重装备包围公寓，决心致里昂于死地。但里昂击倒大量警察，再次救出玛蒂达，并让她和那株盆栽通过通风管道逃生，并嘱咐她去把他积攒的钱取出来。由于管道太小，只有体型较小的玛蒂达能通过。里昂化装成受伤的警察混出包围圈，但最终仍被埋伏在背后的史丹菲尔识破，中枪倒地。最后一刻，濒死的里昂引爆身上所有手榴弹，和史丹菲尔同归于尽。
里昂死后，玛蒂达将里昂生前唯一的朋友——那株盆栽，移出了窄小的盆子并栽种在大地，让里昂终于得以“落地生根”。
