事业单位在一定期间各项收入与支出相抵后的余额是结余，结余包括“事业结余”和“经营结余”。根据《事业单位会计制度》规定，“事业结余”是事业单位在一定期间除经营收支外各项收支相抵后的余额，“经营结余”是事业单位在一定期间各项经营收入与支出相抵后的余额。事业单位年末结账流程为：收支转入结余，结余转入结余分配，分配后的未分配结余全部转入事业基金，“事业基金”科目核算事业单位拥有的非限定用途的净资产，主要包括滚存结余资金等；对于“拨入专款”，在项目完工后直接与“专款支出”和“拨出专款”对冲，结余留用本单位的专款结余即拨入专款贷方余额直接转入“事业基金——一般基金”；经营结余为借方余额即亏损则不结转。
