1.协物比对 (Proportional Matching): 协物比对是寻找序列中具有最接近单一价值的残基之间的关系的一种方法。它被用来分析多个演变相关序列,其中每个序列有一个或者多个基因突变或碱基突变。它可以被用来以精确的方式确定序列中的改变,避免次等的变化的影响,并且可以提供结构信息。
2.层次分类法 (Hierarchical Clustering): 层次分类法是一种多序列比对分析方法,它将给定的序列分类到相当于分组的隔开组,它们拥有相同的最佳价值。在层次分类法中,给定的序列被组合成更大的节点,并且它们可以根据相似性,突变,残缺和布局来分类。层次分类法有助于创建一种共性的框架,可以提供关于编码信息的更进一步的联系,有助于研究了解复杂的数据集。
